昭和22年5月3日、新憲法の公布により「食品衛生法」が施行されました。食品衛生法施行時の昭和23年1月には、営業許可施設数は全国で約145万を超え、これを監視、指導する行政側の体制は不足しており、加えて食中毒、消化器系伝染病は依然として跡を絶たない状況でした。これを未然に防止するためには食品業界の協力と支援が必要となり、厚生省（現：厚生労働省）当局は業界自体が食品衛生についての理解と認識を深めるよう、自主的な機関として昭和23年11月1日社団法人日本食品協会（現：公益社団法人日本食品衛生協会）が設立されました。本県でも昭和24年7月「愛媛県食品協会」が設立され、昭和31年10月には県下の全保健所管内の地区協会を結成されたことを機に「愛媛県食品衛生協会」と改称、発足しました。
その後、昭和55年10月30日に「社団法人愛媛県食品衛生協会」として法人化され、平成25年4月1日には新公益法人制度の施行に伴い「一般社団法人愛媛県食品衛生協会」として設立登記を行い、新たな歩みを開始しました。
令和4年3月末現在、会員数は約18,400で食品衛生推進員や指導員を中心に自主衛生管理をはじめ、巡回指導等、飲食に起因する中毒、感染症およびその他衛生上の危害の発生を防止し、食品の衛生的品質その他食品衛生の向上を図り、公衆衛生の増進に寄与することを目的に、事業運営を行っています。
四国中央地区食品衛生協会 四国中央市三島宮川4丁目6-55 四国中央保健所内
西条新居浜地区食品衛生協会 西条市喜多川796-1 西条保健所内
今治地区食品衛生協会 今治市旭町1丁目4-9 今治保健所内
松山市食品衛生協会 松山市萱町6丁目30-5 松山市保健所内
中予地区食品衛生協会 松山市北持田町132 中予保健所内
八幡浜大洲地区食品衛生協会 八幡浜市北浜1丁目3-37 八幡浜保健所内
宇和島地区食品衛生協会 宇和島市天神町7-1 宇和島保健所内
昭和24年 7月 「愛媛県食品協会」設立
昭和31年10月 「愛媛県食品衛生協会」に改称
昭和55年10月 「社団法人愛媛県食品衛生協会」として法人化
平成25年 4月 「一般社団法人愛媛県食品衛生協会」となる
1.愛媛県、松山市委託事業の実施
2.食品衛生指導員活動特別補助金事業の実施
3.食品衛生推進員、指導員の知識及び技術の習得
4.食品衛生責任者養成講習会、実務講習会の開催
5.一般消費者への啓発、食品衛生に関する各種相談
6.「食協だより愛媛」の発行（年1回）
7.食の安心・安全・五つ星事業の実施
8.食中毒警報、注意報発令時の協力
9.食品営業許可更新手続き等、行政への協力
10.情報の提供と指導啓発
11.食品衛生功労者、優良施設等の顕彰
12.各種共済事業の推進
13.愛媛県証紙売りさばき（地区事務局）
14.食品衛生に関する印刷物の作成、月刊誌等の斡旋
15.衛生関連商品の販売、斡旋
